Muslihat Utimutiraja terbongkar lalu dia dan ahli keluarganya dihukum pancung.
Albuquerque menyerahkan urusan pentadbiran kota Melaka kepada Utimutiraja iaitu seorang yang sangat kaya dan berpengaruh. Malah Albuquerque juga telah berkira-kira untuk melantik Utimutiraja sebagai Sultan Melaka yang baharu bagi mengantikan Sultan Mahmud yang terbuang itu. Seluruh ahli keluarga Utimutiraja sangat kaya dan berpengaruh dari anaknya, anak menantu, sehinggalah kepada cucu-cucunya. Keluarga ini yang dahulunya telah mengkhianati Sultan Mahmud kini semakin mabuk kuasa apabila diberi kepercayaan penuh oleh Albuquerque untuk mentadbir kota Melaka.
Pada suatu hari mereka sekeluarga duduk berbincang tentang keselamatan harta benda mereka sekiranya Portugis memutuskan untuk berlayar pulang ke Portugal. Mereka membayangkan jika Portugis benar-benar keluar, pastilah Sultan Mahmud yang terbuang itu akan kembali untuk merampas Melaka. Ketika itu pastilah mereka sekeluarga akan menerima padah kerana mengkhianati Sultan Mahmud dan orang-orang Melayu.
Setelah puas berbincang dengan panjang lebar akhirnya Utimutiraja memutuskan untuk menulis sepucuk surat rahsia kepada Sultan Mahmud berpura-pura kononnya mereka sekeluarga selama ini masih berpihak kepada Sultan Mahmud. Dia menyatakan rancangannya untuk menyerahkan kota pertahanan yang sedang dibina Albuquerque bersama semua tentera Portugis yang ada di dalamnya sama ada hidup atau mati kepada Sultan Mahmud. Dia juga bersumpah yang dirinya, anak lelakinya, cucunya dan juga anak menantunya bersedia berkorban nyawa demi Sultan Mahmud.
Surat itu kemudiannya ditandatangani oleh semua ahli keluarga Utimutiraja yang terlibat dalam perbincangan itu.
Sebenarnya rancangan Utimutiraja ialah untuk memerangkap Albuquerque dan seluruh orang Portugis. Kemudian dia akan membunuh mereka semua. Jika pengkhianatan ini berjaya mereka sekeluarga akan merampas kota pertahanan dan pentadbiran Melaka dari tangan Portugis lalu mentabalkan dirinya sendiri sebagai Sultan.
Kemudian jika sekiranya Sultan Mahmud datang untuk merampas kembali Melaka maka ketika itu Utimutiraja akan mempertahankan dirinya dan menentang habis-habisan Sultan Mahmud yang terbuang itu. Jika rancangan membunuh Portugis ini gagal maka Utimutiraja sekeluarga sekurang-kurangnya masih lagi mendapat kepercayaan Sultan Mahmud dengan sumpah bohongnya melalui surat rahsia itu. Berjaya atau gagal rancangan ini hasilnya kelak keluarga Utimutiraja masih tetap kaya dan berpengaruh. Bagitulah mengikut perkiraan Utimutiraja yang sayangkan harta dunia itu.
Setiap hari dalam diam-diam Utimutiraja sentiasa memerhatikan orang-orang Portugis itu dan setiap hari juga dia merasakan rancangannya semakin ada harapan untuk berjaya. Dia menyedari yang jumlah orang-orang Portugis itu sangat sedikit. Dan jika sebilangan dari mereka keluar dari Melaka kerana sesuatu operasi maka jumlah mereka yang tinggal menjadi semakin kecil.
Satu hari Utimutiraja bertemu dengan Albuquerque dan memberikan maklumat palsu kononnya tidak jauh dari Melaka terdapat beberapa buah Jong kepunyaan lanun yang sarat dengan bekalan ubat dan rempah kayu manis. Bekalan ini baru sama dirompak dari negara lain tetapi tersadai di situ dan jumlahnya cukup untuk memenuhkan empat buah galleon Portugis.
Albuquerque segera mengerahkan kapten Dinis Fernandes de Melo dengan kekuatan 70 orang tentera menaiki sebuah galleon untuk menyerbu tempat yang dikatakan Utimutiraja itu. Sesampainya di sana mereka mendapati tiada satu pun Jong yang ada di situ.
Kapten Dinis Fernandes de Melo dan angkatannya kembali ke Melaka lalu melaporkan kepada Albuquerque. Albuquerque tidak berkata apa-apa walaupun dalam hatinya mahu segera menangkap dan menghukum bunuh Utimutiraja itu kerana membohonginya. Dari peristiwa ini dia telah sedar yang tujuan Utimutiraja memberikan maklumat palsu itu adalah supaya Albuquerque menghantar seluruh tentera Portugis keluar dari Melaka dan meninggalkan kota pertahanan yang sedang dibina itu dengan tidak dijaga. Selepas itu dapatlah Utimutiraja dan pengikut-pengikutnya menawan kota itu dengan mudah. Akan tetapi rancangan Utimutiraja itu tidak berjaya kerana Albuquerque tidak menghantar kesemua tentera Portugis ke tempat itu seperti yang dirancangnya.
Disebabkan hal ini Albuquerque mempercepatkan proses pembinaan kota A Famosa. Dia tidak dapat berbuat apa-apa ke atas Utimutiraja kerana orang kaya itu sangat berpengaruh dan pengikut-pengikutnya juga ramai sedangkan orang-orang Portugis masih bergelut mengejar masa menyiapkan pembinaan kota A Famosa itu.
Kesabaran Albuquerque akhirnya membuatkan hasil apabila suatu hari saudara terdekat Utimutiraja datang berjumpa dengan Albuquerque untuk memohon jawatan sebagai Dato Shahbandar. Albuquerque mula merancang satu muslihat untuk memerangkap pula si Utimutiraja itu lalu dengan senang hati dia berkata yang permohonan lelaki itu boleh ditunaikan tetapi dia perlu berbincang dengan Utimutiraja terlebih dahulu. Lalu lelaki itu pun beredar dengan perasaan yakin yang jawatan Shahbandar itu hampir pasti miliknya.
Albuquerque menceritakan butiran rancangannya kepada pengawal peribadinya Pero de Alpoem yang sentiasa setia bersamanya. Ketika itu pembinaan kota A Famosa hampir siap dan menara setinggi 5 tingkat itu juga sudah pun beroperasi. Albuquerque tinggal di tingkat ketiga dan dia sentiasa dikawal rapi. Jika ada sesiapa yang mahu berjumpa dengannya mereka tidak dibenarkan membawa masuk sebarang jenis senjata.
Sementara itu orang Islam yang memohon jawatan Shahbandar itu pula diberitahu oleh Albuquerque supaya datang semula pada hari Jumaat minggu hadapan bersama-sama dengan Utimutiraja. Ini kerana Albuquerque mahukan hal perlantikkan Shahbandar mendapat nasihat dan sokongan daripada Utimutiraja terlebih dahulu.
Orang Islam itu sangat gembira mendengar keputusan Albuquerque itu kerana dengan adanya sokongan dari Utimutiraja ini sudah cukup membayangkan jawatan Shahbandar sudah hampir pasti menjadi miliknya.
Maka pada hari Jumaat yang dijanjikan itu mereka semua pun datanglah menuju ke menara Portugis itu dalam satu kumpulan yang ramai. Tetapi apabila sampai di pintu masuk hanya orang tertentu sahaja sahaja yang dibenarkan naik bertemu dengan Albuquerque manakala pengikut-pengikut Utimutiraja yang lain dikehendaki tunggu di luar kubu.
Yang naik ke menara 5 tingkat itu untuk bertemu dengan Albuquerque ialah Utimutiraja, anak lelakinya, seorang anak menantu lelaki dan juga seorang kerabatnya yang memohon jawatan sebagai Shahbandar itu. Setibanya mereka di tingkat pertama menara mereka dikehendaki meninggalkan senjata keris mereka bersama dengan sarungnya di luar.
Apabila mereka terus naik lagi ke tingkat seterusnya tiba-tiba mereka telah ditangkap oleh pengawal Portugis. Buku lali mereka digari lalu dibawa ke tingkat bawah tanah kota Portugis itu yang gelap dan sentiasa dikawal ketat. Sementara itu pengikut-pengikut Utimutiraja yang menunggu di luar masih tidak sedar apa yang berlalu kepada ketua mereka.
Setelah menangkap an Utimutiraja itu selesai, Albuquerque memanggil Nynapam dan semua pembesar dan saudagar utama di Melaka supaya datang bertemunya dengan segera. Dia mahu hal berkenaan nasib Utimutiraja dibincangkan dihadapan semua ketua tempatan.
Apabila mereka semua telah datang , Albuquerque menunjukkan surat pengkhianatan keluarga Utimutiraja itu kepada mereka semua. Semua yang hadir ketika itu mengakui mereka kenal dengan tandatangan ahli keluarga Utimutiraja yang dicatat dalam surat itu.
Setelah mendapat pengesahan dari semua yang hadir akan ketulenan surat itu, Albuquerque memanggil hakimnya , Pero de Alpoem untuk membuat sebuah perjanjian berserta dengan terjemahannya dalam bahasa Melayu . Setelah siap perjanjian itu ia ditandatangani oleh semua yang hadir.
Selepas itu mereka semua dikehendaki turun ke tingkat bawah tanah untuk berjumpa dengan para tahanan. Dengan hanya berbekalkan api obor, ketiga-tiga tahanan ditunjukkan dengan surat pengkhianatan itu , tetapi mereka hanya menunjukkan reaksi bersahaja kerana yakin orang-orang Portugis tidak akan berani mengapa-apakan mereka.
Mereka seterusnya mengakui yang surat itu ditulis oleh mereka , tetapi ia sebenarnya bertujuan untuk memperdayakan Sultan Mahmud dan menyelidik jika Sultan Mahmud berhasrat untuk menawan semula Melaka.
Utimutiraja dengan tenang berkata dia berbuat begitu kerana dia yakin yang Sultan Melaka akan dapat ditundukkan di bawah kekuasaan Raja Portugal seperti mana yang dilakukan oleh Albuquerque kepadanya.
Pengakuan dari Utimutiraja ini dicatat di dalam perjanjian dan ditandatangani oleh semua yang ada di situ sebagai saksi. Kemudian para pedagang dan orang kaya itu pun kembali kepada Albuquerque lalu menunjukkan surat perjanjian itu. Setelah menyemaknya lalu Albuquerque pun bangun ditenggah-tengah perhimpunan itu lalu dengan gayanya terus berucap. Dia mengatakan betapa dia telah meletakkan sepenuh kepercayaan kepada Utimutiraja, anaknya dan juga menantunya , malah telah bersedia untuk melantik Utimutiraja sebagai Sultan Melaka. Tetapi sebaliknya lain pula yang terjadi, Utimutiraja telah berkomplot untuk merampas kubu Portugis ini dan membunuh Albuquerque dan semua orang-orang Portugis. Oleh kerana ketiga-tiga tahanan itu telah mengaku yang mereka telah menulis surat itu maka dengan ini Albuquerque mensabitkan mereka semua telah bersalah dan memerintahkan mereka dijatuhi hukuman pancung sebagai pengkhianat.
Para pedagang yang hadir terkejut mendengar kata-kata Albuquerque itu. Mereka semua segera melutut di hadapan kaki Albuquerque memohon agar Albuquerque mengampunkan ketiga-tiga tahanan itu atas kesilapan mereka. Mereka merayu hukuman itu diringgankan kepada buang negeri daripada dikenakan hukuman pancung.
Albuquerque tetap berkeras dengan keputusannya dan berkata dia sedia memaafkan para tahanan itu tetapi pengkhianatan seperti itu hanya boleh diselesaikan dengan darah dan ketegasan.
Apabila orang-orang yang berada di kota Melaka mendengar berita berkenaan penahanan keluarga Utimutiraja itu maka mereka semua bersorak kegembiraan. Ini kerana pengkhianat-pengkhianat itu sememangnya orang zalim dan selalu melayan mereka dengan sangat tidak adil.
Akan tetapi lain pula halnya dengan keluarga Utimutiraja. Para isteri yang suami-suami mereka menjadi tahanan itu telah bertindak mengumpulkan kesemua ahli keluarga mereka, rakan-rakan dan juga saudagar-saudagar kaya untuk merayu kepada Albuquerque. Akan tetapi Albuquerque tidak mahu mendengar atau berjumpa dengan mereka semua.
Oleh kerana gagal memujuk Albuquerque maka sesetengah dari mereka pergi berbincang dengan kapten-kapten Portugis, memohon mereka agar masuk campur untuk mewakili mereka . Kapten-kapten itu juga disogok dengan rasuah oleh ahli keluarga Utimutiraja. Kemudian para kapten datang kepada Albuquerque dan cuba disogok sekiranya dia melepaskan para tahanan dan dibenarkan keluar dari Melaka dengan selamat , Albuquerque akan mendapat 7 behares emas, yang bersamaan dengan berat 30 quintaes, iaitu 10 quintaes untuk seorang tahanan. Tetapi Albuquerque masih tetap tidak berganjak dari keputusannya.
Para kapten Portugis itu kecewa dengan penolakkan mentah-mentah Albuquerque. Mereka berasa Albuquerque patut menerima habuan itu kerana ia dapat diberikan kepada Raja Portugal yang menakluk Melaka. Memandangkan Raja itu telah membelanjakan banyak wang untuk menawan Melaka tetapi masih belum mendapat apa-apa harta rampasan kerana Portugis masih belum kembali ke Portugal.
Albuquerque lalu berkata kepada kapten-kapten yang menyebelahi Utimutiraja itu: "Ada antara kamu nanti yang akan hidup lebih lama sehingga ke suatu waktu akan kelak menyedari bahawa adalah lebih baik membunuh daripada mendapat 30 behares emas . Adalah baik sekiranya mereka tahu bahawa kita membalas kekejaman dengan kekejaman dan kebaikan dengan kebaikan".
Pada hari yang sama itu juga datanglah pakcik kepada Utimutiraja, bersama dengan isteri-isteri para tahanan dan juga para pembesar dan saudagar kota Melaka. Kumpulan ini diikuti pula oleh mereka yang menentang hasrat keluarga Utimutiraja itu , kerana mereka berharap Utimutiraja dihukum seberat-beratnya kerana ketidakadilan keluarga itu kepada mereka. Mereka semua tertanya-tanya jika Albuquerque akan membebaskan para tahanan atau tidak.
Setelah kedua-dua pihak yang menentang dan yang menyokong menyampaikan hasrat masing-masing maka Albuquerque bangun lalu menjawab: "Saya tahu Utimutiraja adalah ketua dan seorang yang dihormati di kota Melaka, dan kerana dia juga telah datang sendiri untuk meminta perlindungan dan berjanji untuk tunduk taat setia kepada Raja Portugal, saya, yang mempercayakan kata-katanya , telah memberikan begitu banyak kuasa kepadanya yang sebelum itu hanya dimiliki oleh Sultan Melaka".
Sebagai balasan kepada makanan dan kebaikan yang diberikan kepadanya dia telah berkhianat dan merancang untuk membunuh semua orang Portugis dan menawan kota Melaka supaya dapat diberikan semula kepada Sultan yang terbuang itu. Dia memperdayakan saya dengan memujuk saya mengarahkan orang-orang Portugis untuk pergi menawan dua buah Jong , dan dia menyangka saya akan menghantar begitu ramai askar Portugis ke sana dan dengan itu mudahlah dia membunuh kami yang masih tinggal di sini. Rancangan jahatnya itu hampir berjaya.
Manakala anak dan menantunya itu pula , mereka berdua turut berkonspirasi , dan dengan ini mereka mesti dihukum dengan harga kepala mereka. Manakala isteri-isteri mereka pula , walaupun tahu tentang konspirasi ini , mereka tidak akan dihukum , kerana bukanlah adat kami menghukum para isteri kerana kesalahan suami-suami mereka.
"Jika kamu mahu melihat bukti konspirasi itu , saya akan mengeluarkan arahan supaya surat pengkhianatan yang ditandatangani oleh mereka bertiga itu dibawa keluar supaya dapat ditunjukkan kepada kamu".
Mereka semua berkata "Tidak" kerana mereka tahu yang Albuquerque berkata benar. Mereka berkata yang mereka datang sebenarnya hanyalah untuk memohon belas kasihan atas kesalahan yang mereka telah lakukan.
Albuquerque tetap menolak permintaan mereka , dengan berkata yang dia tidak akan sekali-kali memaafkan pengkhianat-pengkhianat itu , kerana kesalahan itu sangat berat dan tak boleh diperbetulkan dengan apa-apa pun kecuali hukuman mati. Maka mereka bertiga mesti mati. Albuquerque bangun dan mengucapkan selamat tinggal lalu meninggalkan mereka semua.
Albuquerque mengeluarkan arahan supaya sebuah pentas didirikan di tebing sungai berhadapan dengan kota Melaka khas untuk menjalankan hukuman pancung itu nanti . Ia mestilah tinggi dan dapat dinaiki dengan tangga. Dia juga mengarahkan pengumuman diberikan dalam bahasa Melayu di seluruh kota Melaka supaya masing-masing dapat keluar untuk menyaksikan hukuman bunuh para pengkhianat itu dilaksanakan. Setelah pengumuman dibacakan seluruh penduduk kota keluar beramai-ramai dan berkumpul di sekeliling pentas itu.
Albuquerque mengarahkan 100 tentera Portugis bersenjatakan tombak untuk mengawal pentas dari didekati oleh orang ramai. Kemudian datanglah Hakim dengan diiringgi oleh para pengawalnya menemani para tahanan yang sedang menggigil , naik menuju ke pentas pemancungan. Seorang Kafir bertindak sebagai tukang pancung , dan dengan pengistiharaan "Ini adalah keadilan yang diperintah oleh Raja Portugal kepada pengkhianat orang Portugis" sejurus kemudian kepala tahanan itu pun dipancung.
Kepala-kepala itu lalu dipancang pada hujung kayu , yang ada di atas pentas, ia kekal berada di situ untuk dipertontonkan sehingga ke petang. Setelah tiba waktu petang maka mayat-mayat itu diambil, dengan arahan Albuquerque, dibawa belayar jauh ke tengah laut, lalu diikat kesemuanya dengan batu besar, lalu dihumban ke dalam laut.
Para isteri dan sanak saudara mereka yang dipancung itu mengumpulkan sekumpulan orang di luar kota Melaka dan berbincang untuk memujuk mereka supaya bangun memberontak menentang Portugis dan mengambil alih kubu mereka. Akan tetapi cadangan itu tidak dipersetujui , takut jika Sultan Mahmud kembali menawan semula kota Melaka pastilah mereka semua akan dibunuh kerana dianggap bersekongkol dengan Portugis.
Kerana kugusaran ini maka mereka terhalang untuk menyerang Portugis, tetapi dari luar kota sesetengah mereka bertindak masuk ke dalam kota pada waktu malam untuk membunuh, mencetuskan kebakaran dan apa jua kerosakan yang termampu mereka buat. Orang Portugis pula mempersiapkan pertahanan untuk menentang pengganas-pengganas itu, dan dengan susah payahnya , bekerja siang dan malam, mereka menutup jalan yang menghala ke arah hutan dengan mendirikan sebuah tembok. Dengan ini keselamatan kota Melaka lebih terjamin.
Tugas ini diberikan oleh Albuquerque kepada Afonso Lesson, dengan sokongan 200 orang tentera , kerana para penganas itu mempunyai senjata musket yang didapati dari orang-orang Islam, yang telah mengajar mereka cara menggunakannya , dan dengan senjata ini telah menyebabkan banyak kerosakkan kepada Portugis. Disebabkan gangguan ini maka tempoh kesukaran yang ditanggung Portugis semakin berpanjangan.
Manakala sanak saudara Utimutiraja telah melantik seorang ketua bernama Pateh Kadir, seorang pejuang yang berani dan handal, yang menjadi komander kepada sebuah pasukan bersenjata yang melancarkan perang gerila menentang Portugis siang dan malam. Atas sebab ini orang-orang Portugis semakin tertekan, dan ditambah pula dengan kerja-kerja berat untuk menyiapkan pembinaan kota A Famosa , menyebabkan ramai yang jatuh sakit dan mati.
